اين معاونت مشتمل بر چهار مديريت و 22 بخش تحقيقي، توليدي و پشتيباني و يك ايستگاه تحقيقاتي بوده و حاصل فعاليت آن توليد بيش از 60 نوع فرآورده بیولوژیک می باشد.

 
     ♦  توليد و تحقيق در زمينه واكسن هاي باكتريايي و ويروسي مصرف پزشكي

    ♦  توليد و تحقيق در زمينه واكسن هاي باكتريايي، ويروسي و انگلي دام و طيور

    ♦  توليد انواع سرم هاي درماني ضدزهر جانوران سمي (مار،عقرب، عنكبوت) 

    ♦  توليد انواع آنتي ژن هاي تشخيص آزمايشگاهي بيماري هاي انسان، دام وطيور

    ♦  تكثير و پرورش حيوانات آزمايشگاهي و توليد برخي فرآورده هاي مرتبط با آنها

    ♦  برنامه ريزي و اجراي تحقيقات كاربردي در جهت دستيابي به تكنولوژي فرآورده هاي جديد

    ♦ ارتقاء كيفي و كمي فرآورده هاي موجود

    ♦  روزآمد كردن مستندات علمي و فني فرآورده ها و نيز انطباق هرچه بيشتر با اصول و مقررات توليدات مطلوب (GMP)

   و همچنين فراهم نمودن بسترهاي لازم براي صادرات فرآورده ها، از اهم فعاليت هاي اين معاونت مي باشد.